El Fondo Reservado resguarda manuscritos, microfilmes, documentos gráficos y publicaciones periódicas yucatecas anteriores a 1940. Los grupos documentales que conforman esta sección son:

1. Microfilmes (1572-1949)
2. Fondo Documental de la Biblioteca Crescencio Carrillo y Ancona (1622-1966)
3. Fondo Museo Arqueológico e Histórico de Yucatán (1677-1834)
4. Hemeroteca Histórica (1813-1939)
5. Fondo Ferrocarriles (1861-1942)
6. Fondo Hacienda Misnebalam (1908-1963)
7. Fondo Clemente López Trujillo (1935-1981)

1.- Microfilmes

Temporalidad: 1572-1949

Una gran parte de la información contenida en los rollos de microfilme procede originalmente de los grupos documentales Fondo Documental de la Biblioteca Crescencio Carrillo y Ancona, Museo Arqueológico e Histórico de Yucatán y Hemeroteca Histórica. La información más antigua proviene de otros acervos. Podemos encontrar reproducciones en formato microfilm de códices indígenas, impresos, leyes, decretos, reglamentos, discursos, diccionarios, publicaciones periódicas, informes administrativos, documentos judiciales, obras literarias, copiadores de correspondencia, vocabularios en lengua maya y en otras lenguas indígenas, calendarios, biografías, actas constitutivas de empresas, así como información sobre historia de Yucatán: época prehispánica, colonial, independencia, intervención francesa y Segundo Imperio, porfiriato, política, elecciones, Ayuntamiento de Mérida, poder legislativo, religión, asuntos jurídicos, policía, cárceles, población, educación, gastronomía, medicina tradicional, botánica, economía, hacienda pública, aduanas, Guerra de Castas, rebeliones y sublevaciones, milicia, obras públicas, comunicaciones y transportes, ferrocarriles, bancos, música, artes, desastres naturales, beneficencia, salud, agricultura, tierras, henequén, comercio, agrupaciones sociales y sociedades.

2.- Fondo Documental de la Biblioteca Crescencio Carrillo y Ancona

Temporalidad: 1622-1966

Los documentos de este grupo formaron parte de la Biblioteca Crescencio Carrillo y Ancona hasta el año 2000, cuando se creó el Archivo Histórico como sección del CAIHY. En su mayor parte se trata de manuscritos e impresos de la época colonial y siglo XIX. Podemos destacar la información relacionada con el Ayuntamiento de Mérida, tierras, aguas, población, censos y padrones, educación, informes, comercio, importación y exportación de mercancías, contrabando, relaciones internacionales, leyes y reglamentos, administración de justicia, cárceles, milicia, rebeliones y sublevaciones, Guerra de Castas, esclavitud indígena, federalismo, centralismo, movimiento separatista de Yucatán, Segundo Imperio, Guerra Cristera, cardenismo, administración pública, hacienda pública, aduanas impuestos, presupuestos, deuda pública, salud, servicios públicos, abastos, ferias, fiestas, celebraciones, diversiones públicas, música, teatro, religión, relaciones Iglesia-Estado, minerías, bancos, moneda, congreso nacional, congreso del estado, ferrocarriles, comunicaciones y transportes, henequén, elecciones lengua maya, división política, fundación de poblaciones, organizaciones sociales, sindicatos, parques y plazas públicas, permisos de construcción, certificaciones de residencia y ciudadanía, prensa y publicaciones periódicas.

Con respecto a la Guerra de Castas, se cuenta con una colección de misivas en maya y en español que dan cuenta de los orígenes y desarrollo del conflicto a través de sus principales actores. Esta colección cuenta con los siguientes distintivos: Memoria del mundo de América Latina y el Caribe por la UNESCO.

3.- Fondo Museo Arqueológico e Histórico de Yucatán

Este grupo documental está conformado por 23 volúmenes encuadernados que recopilan cientos de documentos, manuscritos e impresos, sin un orden preciso ni una temática establecida. En su mayor parte se refieren a la historia colonial de Yucatán. Podemos mencionar documentos sobre comercio, embarcaciones, hacienda pública, expedientes judiciales, reales cédulas, educación, iglesia, comunidades indígenas, milicia y administración pública en general.

4.- Hemeroteca Histórica

Temporalidad: 1813-1939

Este grupo hemerográfico está conformado por periódicos y revistas de circulación periódica en la península de Yucatán. Para efectos de su conocimiento y difusión, mencionaremos los títulos más significativos: El Misceláneo (1813) y Haz (1939).

5.- Fondo Ferrocarriles (1861-1942)

Temporalidad: 1861-1936

El grupo documental cuenta con información sobre construcción y reparación de vías férreas, escrituras de constitución de empresas ferrocarrileras, acciones de empresas ferrocarrileras, correspondencia de gobernadores de Yucatán y otras autoridades sobre asuntos de ferrocarriles, tarifas, itinerarios, horarios, transporte de mercancías, estatutos, reglamentos, aduanas, ceremonias, discursos inaugurales, fotografías de vehículos, andenes, estaciones, planos ferrocarrileros, agrupaciones obreras, contratos colectivos de trabajo, huelgas y conflictos laborales, demandas laborales, informes, estados financieros y publicaciones periódicas.

6.- Fondo Hacienda Misnebalam

Temporalidad: 1908-1963

La hacienda Misnebalam, fue una plantación henequenera de cierta importancia durante el auge de la fibra en el estado. El grupo documental está conformado por 1,262 semanarios (relaciones semanales de labores de los trabajadores henequeneros, incluyendo su pago), 7 libros de contabilidad y 66 expedientes de compras diversas (materias primas, maquinaria, herramienta y alimentos)

7.- Fondo Clemente López Trujillo

Temporalidad: 1935-1981

El grupo documental está integrado por la correspondencia personal e institucional del señor Clemente López Trujillo con diversos funcionarios públicos, académicos y particulares sobre investigación histórica, bibliotecas, archivos, microfilmación de documentos, creación literaria, publicaciones periódicas, política. Destaca la correspondencia sobre la fundación, organización y administración de la Hemeroteca del Estado.